S3 Prodi Pendidikan IPA UNS menjalin kerja sama dengan berbagai mitra, diantaranya:

1. Universiti Malaya
2. BRIN (Badan Riset dan Inovasi Nasional)
3. FKIP Universitas Khairun
4. FKIP Universitas Terbuka
5. FMIPA Universitas Negeri Semarang
6. FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta
7. UPI Kampus Cibiru
8. UPI Kampus Tasikmalaya
9. Perumda Taman Satwa Taru Jurug
10. Industri Tom Batik Warna Alam